Celem funkcjonowania systemu ochrony jest zapewnienie płynności i wypłacalności każdego jego uczestnika na zasadach określonych w ustawie o funkcjonowaniu banków spółdzielczych i w umowie systemu ochrony, w szczególności przez udzielanie pożyczek, gwarancji i poręczeń na warunkach określonych w umowie systemu ochrony